舰队指挥是无尽的拉格朗日中决定战斗胜负的核心要素，合理利用指挥值、舰船定位和战术指令是提升战斗效率的关键。指挥值决定了舰队规模上限，升级主基地至九级并解锁相关建筑后，单支舰队指挥值可提升至400，这是当前版本的最高上限。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排舰船，因此前排应配置高护甲或高闪避的舰船，如奇美拉重炮型或艾奥级巡洋舰，中后排则侧重输出型舰船，如卡利斯托鱼雷型或红宝石离子炮型。需舰船位置无法手动调整，完全由蓝图中的定位决定，因此在编队前需仔细查看舰船属性。
增援指令是舰队指挥中的重要技巧，可通过增援突破指挥值限制，将基地内的战舰快速派遣至已出击的舰队中。增援舰船会以比曲率航行更快的速度移动，适合用于紧急支援或补充战力。但需注意，增援会改变原舰队的航行方式，曲速航行的舰队被增援后将转为普通航行，因此不要在曲速航行中增援。封锁指令则可用于自动攻击经过特定区域的敌方舰船，适合用于控制战略要道或刷野怪获取经验。驻守指令能自动防御矿点或设施，而集结指令则允许同盟成员舰队集中指挥，适用于大规模战役。
舰船移动速度是战术执行的关键因素，舰队整体速度由最慢的舰船决定。战巡和航母虽然战力强大，但移动速度较慢且占用指挥值较高，建议通过增援方式加入舰队，避免拖慢主力舰队机动性。高速侦查舰可先行抵达目标地点，再通过增援快速部署工程舰或主力舰队，大幅节省时间。攻城型战舰如诺玛M470和云海级适合组成高速拆家舰队，利用高机动性骚扰敌方后方设施。撤退指令需谨慎使用，战后维修只能在基地船坞进行，预制模块无法在战斗后维修。
战略打击是指挥技能中的高效手段，可对大范围内敌方目标进行无差别攻击，尤其适用于清除集群矿车或削弱守城部队。该技能不会触发建筑内的防守舰队，能有效降低攻城战损。技术研发对舰队强度影响显著，优先升级主炮和防护装备可显著提升战斗力。团队协作同样重要，与盟友共享矿区或协同封锁能优化资源获取与防御效率。
防空型舰船如光锥级应针对敌方航母编队，而输出舰队可完全放弃防御专注火力。避免在舰队中混入低效维修船，中后期维修量难以弥补战斗损耗。通过合理分配资源、灵活运用阵型与地形优势，即使非重氪玩家也能在战斗中取得可观战果。
